Film rozpoczyna się w momencie, w którym zakończyła się pierwsza część, „Baahubali: Początek”. Shiva, syn Amarendry Bahubaliego, dowiedział się o swoim dziedzictwie i tragicznym losie ojca. Teraz, pragnąc poznać prawdę i pomścić śmierć ojca, wyrusza w podróż, by odkryć historię królestwa Mahishmati.

Poprzez retrospekcje cofamy się w czasie, by poznać życie Amarendry Bahubaliego. Widzimy go jako prawego i ukochanego przez lud księcia, wychowywanego wraz ze swoim kuzynem, Bhallaladevem. Obaj są kandydatami do tronu Mahishmati po śmierci królowej matki.

Retrospekcje ukazują rywalizację między Bahubalim a Bhallaladevem, która nie ogranicza się jedynie do umiejętności wojennych i administracyjnych, ale także do serca pięknej i odważnej księżniczki Devasena z królestwa Kuntala. Bahubali zdobywa jej miłość i rękę, co wzbudza jeszcze większą nienawiść i zazdrość Bhallaladevy.

Bhallaladeva, kierowany żądzą władzy i mściwością, knuje intrygi przeciwko Bahubaliemu. Wykorzystuje manipulacje i kłamstwa, aby przekonać królową matkę Shivagami do mianowania go królem i wygnania Bahubaliego z królestwa. Shivagami, nieświadoma podstępu, podejmuje tragiczną decyzję.

Bahubali, choć pozbawiony tronu, żyje szczęśliwie z Devaseną wśród ludu, zyskując ich jeszcze większą lojalność i szacunek. Jednak intrygi Bhallaladevy nie ustają. Ostatecznie, w wyniku spisku i zdrady, Amarendra Bahubali zostaje zamordowany. Świadkiem tej zbrodni jest wierny sługa Kattappa, który zostaje zmuszony do zabicia swojego ukochanego władcy.

Współczesna akcja filmu koncentruje się na Shivie, który po poznaniu prawdy o swoim ojcu, jednoczy siły z wiernymi zwolennikami Bahubaliego i wypowiada wojnę okrutnemu Bhallaladevie. Film kulminuje się w epickiej bitwie o Mahishmati, w której Shiva staje do walki ze swoim wujem, pragnąc sprawiedliwości dla swojego ojca i uwolnienia królestwa spod tyranii.

„Baahubali 2: Finał” to opowieść o odwadze, lojalności, zdradzie, miłości i ostatecznym triumfie dobra nad złem. Film charakteryzuje się widowiskowymi scenami akcji, bogatą scenografią i kostiumami oraz porywającą historią, która trzyma widza w napięciu do samego końca.